De stijl van organiseren is atomistisch. Voor het beleid betekent dit dat er in het aansturen van en bijdragen aan het dagelijkse werk een gezonde mate van zelfredzaamheid wordt verwacht van de verschillende organen en van de mensen. Naast zelfstandigheid is open en directe communicatie een voorwaarde om de gemeenschap goed te laten functioneren. De organisatie van het project is opgebouwd uit de volgende organen:

1. De mensen (bewoners, ondernemers, medewerkers, pergola deelnemers)
2. Ecodorp Projectgroepen (vooralsnog alleen in Amsterdam…)
3. Stichting Ekosofia (publiciteit, faciliteren en coördineren projectgroepen)
4. Stichting Ekotopia i.o. (eigenaar grond en bedrijfsgebouwen vennootschap)
5. Openbare Vennootschap Landgoed Ekosofia (landgoed, boerderij en winkel)
6. De Raad (vertegenwoordigers stichtingen en bewonersgroep, bedrijfsleiders vennootschap en ondernemingen)
7. De omgeving (buren, bezoekers, gemeente, leveranciers, afnemers, donateurs en investeerders)

In het bestuur van beide stichtingen en bij projectgroepen vindt besluitvorming plaats op basis van consensus. In een gerealiseerd ecodorp is de wekelijkse ronde tafel bijeenkomst van de raad de belangrijkste om te zorgen voor een goede planning en evaluatie van het te verrichten werk in relatie tot ieders gemeenschapsbijdrage.

De vennootschap wordt in de dagelijkse praktijk aangestuurd door de drie vennoten: de boer, winkelmanager en landgoedbeheerder. Deze drie personen zijn als zelfstandig ondernemer uiteindelijk verantwoordelijk voor de landbouwproductie, de winkel, de omzet en het onderhoud van het landgoed. Natuurlijk worden ze hier in bijgestaan door de (medeverantwoordelijke) bewoners, medewerkers, pergola deelnemers en eventueel stagelopende leerlingen of zogenaamde WWOOF’ers (Willing Workers On Organic Farms). De vennoten bepalen afhankelijk van prioriteiten en seizoenen in overleg met de mensen wanneer wie waar meewerkt.